LES BACTÉRIES….Bonnes ou Mauvaises ??   2 comments

 

LES BACTÉRIES

Notre corps en abrite cent mille milliards…

Ces bonnes bactéries qui nous font vivre

Le génome de mille espèces qui vivent dans nos entrailles vient d’être décrypté. Surprise, elles pourraient bien constituer une vraie révolution thérapeutique. Texte Corinne Soula

Plus de 1,200 kg de bactéries dans notre corps

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– Nez

Essentiellement des streptocoques et des staphylocoques.

Bouche

Surtout des streptocoques sur l’intérieur des joues et des Neisseria sur les dents.

Estomac et duodénum = <1g

On ne compte que 100 à 1 000 bactéries par millilitre de liquide, car c’est plutôt un lieu de circulation. Principalement des streptocoques.

Ombilic (Nombril)

Il abrite environ 1400 espèces différentes, mais une quarantaine de ces bactéries pourrait représenter 80% des populations de quasiment tous les nombrils.

Intestins = 1kg

Principalement des streptocoques, des lactobacilles, Escherichia coli dans l’intestin grêle, des bactéroidetes et firmicutes dans le côlon.

Vagin= 20 g   

Principalement des lactobacilles.

Peau = 200g

Dans les zones sèches (avant-bras, paume de la main, fesses…), surtout des protéobactéries et des flavobactéries. Dans les zones humides (aisselles, parties génitales, pli du coude, pli fessier…), principalement des corynébactéries et des staphylocoques. Dans les zones sébacées (ailes du nez, entre les sourcils, intérieur de l’oreille, haut du thorax…), essentiellement des propionibactéries, des staphylocoques et des corynébactéries.

Résistance aux antibiotiques, infections alimentaires, pathologies diverses : à force d’entendre parler de bactéries « tueuses », on en oublierait presque que nous vivons à leur contact en permanence. Mieux : non seulement la cohabitation est le plus souvent pacifique, mais elles sont essentielles à notre santé. «Notre corps en abriterait 100 000 milliards», indique Gérard Corthier, directeur de recherche à l’Institut national de la recherche agronomique (Inra). « Rien que dans 1 g de selles, on en trouve jusqu’à 100 milliards. Elles sont d’ailleurs plus nombreuses que les cellules de notre organisme.» On compte ainsi 90 % de cellules bactériennes pour 10 % de cellules humaines !

Narines, bouche, peau, intestins…, elles se nichent partout, avec une préférence pour les milieux humides. « Chacun de ces endroits présente une flore bactérienne autochtone assez stable — appelée microbiote — dont les souches dominantes diffèrent selon les parties du corps », explique Joël Doré, directeur de recherche à l’Inra. «En contact avec l’air, on trouve surtout des bactéries aérobies, qui ont besoin d’oxygène pour vivre, et à l’intérieur du corps, plutôt des anaérobies.» Néanmoins, leur niche de prédilection reste le gros intestin, qui peut, à lui seul, abriter jusqu’à 1 kg de microbes!

Il y a encore vingt ans, ce microbiote intestinal était un mystère. « Pour l’étudier, on mettait les bactéries en culture dans des boîtes de Pétri, explique le chercheur. Or. la majorité d’entre elles, adaptée au milieu obscur et protégé du côlon, mouraient au contact de l’oxygène.» C’était sans compter sur les progrès de l’approche moléculaire.

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Depuis 2008. le projet européen Méta-HIT, coordonné par l’Inra. travaille sur la caractérisation génétique des bactéries de notre microbiote. En 2010. leur génome a ainsi été décrypté : 3,3 millions de gènes bactériens ont été étudiés, soit 100 fois plus que n’en compte le génome humain. Pour ce faire, les scientifiques de MétaHIT ont utilisé une technique de séquençage d’ADN de précision et ont analysé les selles de centaines d’européens. Résultats : il existerait un millier d’espèces bactériennes différentes susceptibles de vivre en quantité importante dans notre intestin. Chaque individu en abriterait environ 170. A terme, les chercheurs souhaitent établir un catalogue exhaustif de référence du « micro-biome » (contraction de « génome » et «microbiote») humain.

Mais un an plus tard, la même équipe fait cette découverte : chaque individu pourrait se voir attribuer un «groupe intestinal» ou entérotype. Les résultats de cette étude, publiés dans Sature en avril 2011. indiquent que parmi les différents microbiotes observés, il est possible de distinguer trois catégories en fonction de la famille de microbes qui y est la plus représentée : Bacteroides. Prevotella ou Ruminococcus. Mieux encore, notre microbiote pourrait révéler une sorte de carte d’identité. «Nous nous ressemblons tous un peu puisque 40 % des gènes bactériens d’une personne sont partagés par la moitié de la population, pointe le chercheur. Mais sur les 3.3 millions de gènes étudiés. 2.4 millions sont rares. Nous disposons donc d’une signature individuelle. »

Une caractéristique partagée par d’autres flores de notre organisme. Une étude américaine, parue en 2(X)8 dans la revue PNAS. portait ainsi sur le microbiote des mains d’une cinquantaine de jet nés adultes. En tout. 4 700 espèces ont été comptabilisées. chacune des paumes en abritant environ 150. avec une très fort variation interindividuelle : entre deux personnes, on ne retrouvait que 13% de points communs. Autre spécificité, les bactéries détectées sur des mains de femmes sont plus variées que celles récoltées sur les hommes. En cause, peut-être le pH de la peau — plus acide chez les hommes —, les variations hormonales ou la fréquence d’application de crèmes hydratantes.

Une chose est sûre, ces « bactéries autochtones » nous veulent du bien  Qu’elles colonisent la  surface de notre peau ou l’intérieur de cavités  comme la bouche, le vagin ou le côlon, elles agissent comme une barrière. « Elles occupent le terrain et donc empêchent d’éventuels microbes pathogènes de s’installer », explique Gérard Corthier.

Dans l’intestin, leurs fonctions semblent encore plus complexes. «D’abord, elles prennent en charge ce qui n’a pas été digéré plus haut et dégradent les fibres, mais elles synthétisent aussi des vitamines (K et E) ainsi que des acides gras, précise le scientifique. Et surtout, leur présence stimule notre système immunitaire.» Comme n’importe quel micro-organisme potentiellement agressif, elles activent certains récepteurs de l’immunité, notamment à la surface des cellules épithéliales de la paroi intestinale, mettant ainsi constamment nos défenses en alerte. Ce dialogue permanent participe au développement et à la maturation du système.

La colonisation bactérienne débute à la naissance

Comment se forme l’ensemble de ce microbiote intestinal que les scientifiques considèrent comme un organe à part entière ? La colonisation débute à la naissance, dès la rupture de la poche des eaux. Avant, l’enfant est stérile. Le gros intestin est d’abord colonisé par des bactéries maternelles, vaginales et fécales, lors de l’accouchement, puis par celles de l’environnement. En premier, les staphylocoques, entérocoques et entérobactéries qui prolifèrent en quelques jours. Puis viennent les Bifidobacteriums, les Bactcteroides et les Clostridium. Enfin, l’enfant, via l’environnement, sa nourriture et les contacts avec son entourage, voit son microbiote se diversifier. «Ce processus d’implantation diffère selon que l’accouchement s’est déroulé par voie naturelle ou césarienne, que l’enfant a reçu ou non du lait maternel, s’il a été maintenu dans un univers aseptisé du fait de sa prématurité ou bien si on lui a administré très tôt des antibiotiques.» Mais globalement, vers l’âge de 2 ans. nous avons quasiment acquis notre microbiote d’adulte.

Et cette flore bactérienne demeure assez stable dans le temps. Même si son équilibre peut être perturbé — par la prise d’antibiotiques ou un régime  alimentaire particulier, notamment riche en fibres —. ces modifications sont temporaires et elle a tendance à redevenir la même en quelques semaines.

L’étude de ces bactéries corporelles pourrait trouver des applications prometteuses. Pour la justice, par exemple : comme nos paumes abritent un microbiote spécifique à chacun, serait-il possible d’être identifié grâce à nos empreintes «bactériennes»? Pourquoi pas. car même en se lavant soigneusement les mains, elles retrouvent leur composition initiale en quelques heures. En 2010, une équipe américaine de l’Université du Colorado a ainsi comparé la composition des flores bactériennes trouvées sur des claviers d’ordinateurs et sur les doigts de leurs utilisateurs, afin de collecter le profil de 270 mains. Ils ont ensuite analysé des souris d’ordinateurs et ont pu déterminer qui les avaient utilisées. Et cette flore a un atout : elle peut subsister 14 jours sur divers objets à température ambiante. Intéressant quand on sait que les techniques policières actuelles présentent certaines limites : pour l’ADN, il faut disposer d’une quantité importante de sang, de salive ou de tissus biologiques, et les empreintes digitales sont illisibles sur certains tissus.

En Australie, on tente des « greffes»… fécales !

Mais parmi les domaines scientifiques les plus prometteurs, le microbiote intestinal semble le mieux placé. D’abord, il pourrait devenir un outil diagnostic. « En comparant les gènes bactériens chez des personnes atteintes ou non de la maladie de Crohn, une inflammation chronique de l’intestin, on a montré que certains étaient sur ou sous-représentés dans cette pathologie.ee qui permettrait de détecter plus facilement la maladie ». explique Joël Doré. Des observations qui pourraient aussi avoir un intérêt thérapeutique. En effet, parmi les bactéries déficitaires dans le microbiote de ces patients. Faecalibacterium prausnitzii Une étude française, parue en 2008 dans la revue américaine PNAS, s’est penchée sur la flore intestinale de malades ayant subi une ablation d’une partie de leur tube digestif et a montré que ceux qui n’avaient pas fait de récidive de la maladie de Crohn présentaient un taux élevé de cette bactérie. Parallèlement, les chercheurs ont confirmé in vitro et chez l’animal cette action anti-inflammatoire. A terme, on pourrait donc imaginer utiliser F. prausnitzii pour prévenir le risque de récidive de la maladie après une opération.

Autre piste de recherche, l’obésité.

Aux Etats-Unis. Jeffrey Gordon étudie le lien entre l’un et l’autre depuis plus de trente ans. « D’après ses études, la flore intestinale des personnes obèses est différente, explique Gérard Corthier.

2015-01-30_154928Alors que les personnes non obèses présentent 90 % de bactéries de la grande famille des Bacteroidetes — qui regroupe diverses espèces comme les bac-teroides ou les flavobactéries — et 10% de Firinicutes (Clos-tridium, bacilles, lactobacilles)…. ,. les obèses présentent un taux beaucoup plus important des secondes et un déficit en Bacteroidetes.» Mais cette différence de flore est-elle due aux habitudes alimentaires riches en graisses et en sucre ou est-ce la composition spécifique de la flore qui est à l’origine de l’obésité? Un peu des deux. Si on met des personnes obèses au régime, leur flore se modifie. Mais en 2006, le chercheur américain a aussi montré qu’en transférant la flore intestinale de souris obèses à des souris dépourvues de flore, celles-ci grossissaient plus que les autres, avec la même ration alimentaire. Suffirait-il de rétablir l’équilibre de la flore pour traiter l’obésité? «Nous n’en sommes pas encore là, tempère Joël Doré. Mais une meilleure connaissance du génome bactérien nous permettrait de comprendre pourquoi certains individus répondent plus ou moins bien aux régimes hypocaloriques et aussi d’essayer de mettre en place des stratégies spécifiques pour moduler cette réponse.»

Le traitement du diabète pourrait aussi un jour utiliser les bactéries. En 2010. des chercheurs français et finlandais ont réussi à normaliser la glycémie à jeun de souris obèses et diabétiques en leur administrant une souche particulière de lactobacilles. D’autres recherches sont menées sur des pathologies aiguës comme l’entérocolite ulcéro-nécrosante. une urgence intestinale qui concerne 2 à 5 % des grands prématurés. Mais là encore, les expériences sont encore au stade des recherches sur animal.

Autre application particulièrement étonnante, depuis quelques années se développent des expériences de transplantation… fécale ! D’abord en Australie, puis aux Etats-Unis, cette « greffe » a été imaginée pour lutter contre des infections dues à la bactérie Clostridium difficile, résistante aux antibiotiques. En pratique — âmes sensibles s’abstenir ! — il s’agit de vider le contenu intestinal du patient puis de lui transplanter les selles d’une personne saine pour recoloniser son colon. La procédure se fait soit par voie basse, sous forme de lavement soit à l’aide d’une sonde introduite par le nez jusqu’à l’estomac. Pour l’instant, les «donneurs » sont généralement de la famille du patient, pour des raisons pratiques, mais aucun obstacle technique n’empêcherait de faire appel  à des personnes plus éloignées. Encore faudrait-il dépasser le frein psychologique… Mais résultats sont spectaculaires. «La majorité a guéri dès la première « greffe », souligne Joël Doré. Ces patients ont ainsi pu dire adieu des arrhées récurrentes et à morbidité importante.»

 Et ce n’est pas fini, aux Bas. le Pr Willem de Vos teste actuellement la technique sur personnes obèses diabétiques : certaines ont reçu leurs propres selles, d’autres celles de personnes non diabétiques. Résultat, ces derniers ont vu les symptômes du diabète disparaître au moins pendant six semaines. L’expérience est aussi actuellement en cours sur des malades de Parkinson, depuis que certains ont vu leurs symptômes s’améliorer après une transplantation fécale pour traiter une infection à Clostridium difficile.

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Pour ceux que la « greffe » fécale rebute, il existe une piste plus ragoûtante : les probiotiques, des bactéries vivantes ingérées en quantité suffisante pour modifier bénéfiquement l’hôte qui accueille. Ce sont notamment fameuses spécialités lactées yaourts ou boissons — ou compléments alimentaires censés booster nos défenses ou venir à bout de nos diarrhées passagères… Effet marketing ou véritable allié santé ? « Une vingtaine d’études ont montré un effet bénéfique sur le syndrome de l’intestin irritable », admet Thierry Piche, Gastro-entérologue au CHU de Nice. «Le problème, c’est que les souches utilisées pour toutes ces études sont différentes.» Quant à leurs bénéfices sur l’immunité, le chercheur reste nuancé : « Certaines bactéries comme les lactobacilles ou bifidobactéries semblent modifier de façon positive les cellules immunitaires. Mais de là à affirmer que boire un yaourt tous les jours prévient de la rhinite hivernale, c’est un raccourci.»

Pour l’instant, l’Autorité européenne de sécurité des aliments (Efsa) a suspendu toutes les allégations santé de ces produits, en attendant des dossiers scientifiques plus complets. «L’industrie agroalimentaire a été la première à s’intéresser aux probiotiques. C’est un domaine prometteur, mais la balle est dans le camp des scientifiques », pointe François Leulier, chercheur à l’Institut de biologie du développement de Marseille-Luminy. « Nous devons préciser les mécanismes moléculaires sous-jacents, ainsi que les doses et les espèces efficaces.» En résumé : des études restent à faire pour mieux comprendre comment les probiotiques agissent sur notre organisme, et sous quelle forme et en quelle quantité ils sont plus efficaces. Car ces bonnes bactéries doivent pouvoir résister aux sucs gastriques et aux enzymes digestives pour arriver en quantité suffisante à destination. Alors, peut-on prendre des probiotiques? Pourquoi pas, mais l’effet, s’il existe, ne sera que modéré et nécessitera une prise sur plusieurs mois sous peine de voir son microbiote initial se reformer.

Une ombre au tableau cependant : en septembre 2009, le chercheur Didier Raoult a jeté un pavé dans la mare en pointant d’éventuels liens avec l’épidémie d’obésité dans la revue Nature. « Comme les antibiotiques, les probiotiques sont utilisés dans les élevages animaux», pointe le responsable du Laboratoire de virologie de la Timone, à Marseille. « Nous avons d’ailleurs montré qu’elles étaient associées à une plus grande prise de poids, de taille et de gras chez les souris qui en consommaient. J’émets donc l’hypothèse que l’augmentation du poids et de la taille de la population est en partie liée à la consommation de probiotiques.» Une précision : « Ceux qui sont commercialisés en France ne contiennent pas les souches incriminées, assure le Dr Raoult. En particulier, Lactobacillus reuteri, très répandu dans les compléments alimentaires américains et Scandinaves.» Ouf! Reste que ces effets sur la croissance pourraient s’avérer eux aussi prometteurs. En septembre 2011, une équipe française a publié une étude sur un lactobacille spécifique dans la revue Cell Metabolism. «Nous avons montré que ces bactéries pouvaient favoriser la croissance de drosophiles. Les résultats étaient d’autant plus nets lorsqu’elles étaient dans des conditions de carence alimentaire, se réjouit le chercheur François Leulier. Cela ouvre des espoirs pour les pays frappés par la malnutrition. Le potentiel thérapeutique est énorme ! », Conclut-il, enthousiaste.

Et si les probiotiques font aujourd’hui l’objet de tant d’attention, ce n’est pas seulement parce qu’ils sont prometteurs. Ils sont aussi beaucoup moins chers à commercialiser que les médicaments : considérés comme des aliments ou des compléments alimentaires, ils ne sont pas contraints de respecter la couteuse procédure d’autorisation de mise sur le marché imposée aux molécules chimiques. ■

NOS RÉFÉRENCES H Livres

■       «Bonnes Bactéries et bonne santé»,

Gérard Corthier, éd. Quae.

■       « Les Secrets de l’intestin, filtre de notre corps», Drs Louis Berthelot et Jacqueline Warnet, éd. Albin Michel.

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Publié 30 janvier 2015 par micdec dans Aliments et boissons, BACTÉRIES, Santé & bien-être

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2 réponses à “LES BACTÉRIES….Bonnes ou Mauvaises ??

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  1. bon je sers plus la main aux gens, je fais plus de bisous, je met vite une combinaison en plastique, lol,
    remarques j’ai eu un staphylocoque doré , j’ai été opéré, les antibio ne faisait rien du tout, au contraire cela a empiré et grossit,
    voila,
    bisous si possible

    • Bonsoir ma chère Cousine
      Ah ! le staphylocoque doré, quelle saleté que cette bête là ! Je mle suis renseigné à l’hôpital et j’ai une piste a te transmettre, à toi de la creuser avec un avis médical.

      « Bon, je vais vous faire profiter de mon expérience, je vois que beaucoup de personnes posent des questions sur le staphylocoque doré et ils n’obtiennent pas beaucoup de réponses !
      Voici donc ce que je peux dire à propos de la propolis :

      Un membre de ma famille a été soigné avec un antibiotique intraveineux.
      En même temps, et sur mes conseils pressants, il a pris de la propolis, il n’y a pas d’interaction.

      La propolis possède un pouvoir synergique c’est à dire qu’elle a la particularité de multiplier l’action de l’antibiotique par 10 voire par 100.

      Afin de définir le bon antibiotique il a été fait un antibiogramme.

      Il semble que le staphylocoque doré n’a pas aimé ce régime puisque la cicatrisation s’est effectuée assez rapidement à partir du moment où il a pris la propolis en association avec l’antibiotique… mais on attend quelques mois avant d’être sûrs de la complète guérison. Les analyses de sang sont parfaites je dois dire.
      Aujourd’hui nous en sommes à 2 gros mois.

      Je vous conseillerais de faire une recherche poussée vers la propolis, c’est ce que j’ai fait.

      Voila ma chère cousine. Je compatis car étant jeunot, juste avant la fin de la seconde guerre mondiale j’avais attrappé cette saleté et ça me faisait de gros abcès sur les jambes. Et puis les Américains sont arrivés avec la péniciline qui à eu un effet quasi immédiat. Malheureusement, depuis la bestiole s’est blindée et il est difficile de trouver quel antibiotique va pouvoir l’éradiquer.
      D’où l’intérêt de te fairee faire un antibiogramme.Vois aussi du côté de la propolis, beaucoup de personnes en parlent avec satisfaction.
      Bises et bonne chance
      Michel

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